Републички Секретаријат за односе са Међународним кривичним судом у Хагу и истраживање ратних злочина, као посебна управна организација, формиран је Законом о министарствима (Службени гласник Републике Српске бр. 70/02).

Круг послова који спадају у надлежност овог Секретаријата одређен је у члану 39. поменутог Закона о министарствима Републике Српске. Законом о измјенама и допунама Закона о министарствима (Службени гласник Републике Српске бр. 33/04), члан 39. Закона о министарствима (Службени гласник Републике Српске бр. 70/02), мијења се тако што се из надлежности овог Секретаријата бришу послови везани за истраживање, прикупљање, систематизовање података и вођење евиденције о заробљеним и несталим лицима.

Унутрашња организација и систематизација радних мјеста у Републичком Секретаријату за односе са Међународним кривичним судом у Хагу и истраживање ратних злочина утврђена је Правилником о унутрашњој организацији и систематизацији радних мјеста, који је донио Директор Секретаријата, а на који је, у складу са чланом 33. став 3 Уредбе о начелима за унутрашњу организацију и систематизацију радних мјеста у управи Републике Српске (Службени гласник Републике Српске бр. 1/03 и 29/03), Влада Републике Српске дала сагласност дана 29.12.2003.год, објављено у Службеном гласнику Републике Српске бр. 32/04.

Сарадња Републике Српске са Међународним трибуналом у Хагу регулисана је Законом о сарадњи Републике Српске са Међународним кривичним судом за ратне злочине у Хагу (Службени гласник Републике Српске бр. 52/01).

У члану 2. поменутог Закона о сарадњи Републике Српске са Међународним кривичним судом за ратне злочине у Хагу предвиђено је да се сарадња Републике Српске са Међународним трибуналом у Хагу одвија у складу са Статутом и Правилником о поступку и доказима Међународног трибунала у Хагу, као и у складу са Законом о кривичном поступку Републике Српске.

У Босни и Херцеговини у важности је међународни споразум под називом "Правила пута", закључен у Риму, дана 18.02.1996. године, који предвиђа да нико у Босни и Херцеговини не може бити притворен или затворен под сумњом да је извршио кривично дјело ратног злочина и тешког кршења Међународног хуманитарног права из надлежности Међународног трибунала у Хагу, која је утврђена Статутом Трибунала, док Тужилаштво Међународног трибунала у Хагу не да оцјену доказног материјала против наведених лица и одговори да ли у кривичним предметима, који се воде пред домаћим правосуђем, а који су му достављени на разматрање, постоји довољно доказа да, по међународним стандардима, потврде разуман основ за вјеровање да су наведена лица починила наведена озбиљна кршења међународног хуманитарног права, те да ли се кривични поступци, који се пред домаћим правосуђем Републике Српске, воде против тих лица, могу наставити. У складу са овим међународним споразумом кривични предмети, који су покренути пред правосудним органима Републике Српске, достављају се Одјељењу за "Правила пута" Тужилаштва Међународног трибунала у Хагу.

Жеља овог Секретаријата је да са садржајем поменутих правних аката, који представљају основ сарадње Републике Српске са Међународним трибуналом у Хагу, издвојеним на једном мјесту, упозна домаћу и свјетску јавност, као и надлежне институције.