Републички Секретаријат за односе са Међународним кривичним судом у Хагу и истраживање ратних злочина (у даљем тексту Секретаријат) је као посебна управна организација формиран према Закону о министарствима (Службени гласник Републике Српске бр. 70/ 02)
Круг послова који спадају у надлежност овог Секретаријата одређен је у члану 39.поменутог Закона о Министарствима (Службени гласник Републике Српске бр 70/ 02, 33/04 и 33/06 ) и обухвата послове које су до доношења овог Закона обављала три државна органа и то
- Биро Владе Републике Српске за односе са Међународним кривичним судом у Хагу
- Документациони центар Републике Српске
- Комисија за тражење несталих и заробљених лица Републике Српске
С обзиром да је Републички секретаријат за односе са Међународним кривичним судом у Хагу и истраживање ратних злочина , према Закону о министарствима (Службени Гласник Републике Српске бр 70/ 02) преузео све послове поменута три државна органа, они су на основу тога престали да постоје, јер поменути Закон није ни на који начин задржао самосталност ниједног од горе поменутих државних органа .
Дана 05. 05. 2003 године Високи Представник за Босну и Херцеговину госп. Paddy Ashdown упутио је писмо Предсједнику Владе Републике Српске који садржи упуства за тумачење члана 39. поменутог закона о Министарствима Републике Српске у смислу враћања Комисије за тражење несталих и заробљених лица Републике Српске на њену претходну позицију.
Након тога Влада Републике Српске , на сједници одржаној 22 .05. 2003 године под бројем 02/1-020-389/03 донијела одлуку о оснивању Канцеларије за тражење несталих и заробљених лица Републике Српске чиме су се послови везани за тражење несталих и заробљених лица, а који су били у надлежности Секретаријата, прешли на поменуту Канцеларију, тако да је тог дана Секретаријат престао да обавља наведене послове.Средства, која су у Буџету Републике Српске за 2003 годину, у оквиру средстава одобрених Секретаријату , била намијењена за обављање поменуте врсте послова, након доношења горе наведене Одлуке Владе Републике Српске, дозначена су новооснованој Канцеларији за тражење несаталих заробљених лица Републике Српске.
С обзиром да је већ почетком маја мјесеца 2003 године од Међународне комисије за нестале особе (ICMP) покренута иницијатива да се утврђене надлежности Републичког Секретаријата односе са Међународним кривичним судом у Хагу и истраживање ратних злочина, које је до сада вршила Комисија за тражење несталих и заробљених лица Републике Српске, одвоје од Секретаријата и поново пренесу надлежности Комисији за тражење несталих и заробљених лица Републике Српске, што се на крају и десило на, горе описани начин,Секретаријат је, одмах по доношењу поменуте Одлуке Владе републике Српске,прекинуо било какав рад на наведеним активностима.
Републички Секретаријат за односе са Међународним кривичним судом у Хагу и истраживање ратних злочина именује Влада Републике Српске.
На сједници одржаној 25.11.2004 године Влада Републике Српске, донијела је Рјешење по којем се дипломирани правник Јован Спаић поставља за директора Републичког Секретаријата за односе са Међународним кривичним судом у Хагу и истраживање ратних злочина (Биографија Јована Спаића)
